В 2000 году Юрий присоединился к дублю тамбовского «Спартака». Там Жирков получал маленькую зарплату, и для того, чтобы помочь своей семье, он выступал на первенстве колхозов за посёлок Мордово, за победы он получал продукты. За эту команду в финале первенства района Юрий забил два мяча на последних минутах матча, это позволило команде Мордово стать чемпионом. Летом 2001 года Юрий был дозаявлен за основной состав «Спартака», за который дебютировал 22 августа 2001 года, выйдя на замену на 88-й минуте матча против калужского «Локомотива». В сезоне 2001 Жирков сыграл два матча, проведя на поле в общей сложности 4 минуты. Первый гол за «Спартак» Юрий забил 25 июня 2002 года в ворота ФК «Медик» Селятино на 2-й минуте игры, в этом же матче Жирков оформил свой первый дубль, реализовав пенальти на 67-й минуте. В сезоне 2002 Жирков провёл 19 матчей, в которых забил 10 голов. В 2003 году Юрий провёл 36 матчей, в которых забил 16 мячей и четырежды признавался лучшим игроком матча. 25 сентября 2003 года Жирков забил четыре мяча в ворота футбольного клуба «Искра» Энгельс. Это был первый покер тамбовского «Спартака» в чемпионатах России. По итогам сезона Жирков занял второе место в споре бомбардиров в своём клубе, в общем зачёте Юрий занял шестое место в зоне «Центр» второго дивизиона ПФЛ. В 2003 году Жирков принял участие в Кубке Надежды, по итогам которого был признан лучшим футболистом. Зимой молодым полузащитником заинтересовались несколько клубов Премьер-Лиги, среди них были: «Кубань», «Сатурн», «Амкар», «Шинник», «Сокол» и «Торпедо». Однако Жирков выбрал другие клубы. Зимой 2003 года он находился на просмотре в московском «Спартаке», но не приглянулся Романцеву. Позже он был на просмотре в «Локомотиве» и киевском «Арсенале», но там также получил отказы. В середине декабря 2003 года стало известно о том, что Жирков подписал контракт с ЦСКА.